Comentario
Perú inició su vida colonial bajo un clima de guerra civil entre los españoles, divididos primero entre pizarristas y almagristas, y luego entre rebeldes y realistas. La verdadera causa del problema residía en un exceso de población española que había acudido a dicho territorio, tanto por la fama de su riqueza, como por lo tardío de la conquista. Había unos ocho mil españoles y las encomiendas podían dar de comer a unos quinientos. La administración ocuparía como mucho otros mil, sobrando el resto. Se promovieron, por ello, tumultos y agitaciones hasta que se logró enviarles a conquistar otros lugares (Chile y el Amazonas) o asentarles en territorios periféricos. Los enfrentamientos comenzaron tras el asesinato de Francisco Pizarro (26 de junio de 1541), cuando la Corona intentó fundar el Virreinato del Perú y la Audiencia de Lima (Leyes Nuevas de 1542). La facción almagrista se alzó contra el gobernador Vaca de Castro, que intentaba poner orden en la colonia. Logró derrotarle y darle muerte tras la batalla de Chupas (1542). En 1544 llegó a Lima el primer virrey, Núñez Vela, que fue recibido con hostilidad por los encomenderos. Las Leyes Nuevas habían prohibido la sucesión de las encomiendas, como es sabido, y el Virrey traía la orden de quitarlas a todos los que hubieran participado en las luchas de pizarristas y almagristas, que eran prácticamente todos los encomenderos del Perú. A los cuatro meses, se produjo la rebelión encomendera (tanto de pizarristas como de almagristas) en torno a la figura de Gonzalo Pizarro, hermano del descubridor de la tierra. Gonzalo entró en Lima y fue nombrado Gobernador por la Audiencia. El virrey huyó y encabezó la lucha de los defensores de la causa del Rey, pero fue abatido en Quito el año 1546, siendo degollado. La rebelión se extendió por toda la costa pacífica suramericana. Para someter a los rebeldes se envió a Pedro de Lagasca, quien a costa de intrigas y promesas logró reunir suficientes fuerzas realistas para derrotar a los rebeldes en Jaquijahuana, cerca de Cuzco (1548). Gonzalo Pizarro y algunos de sus capitanes pagaron la traición con la vida. El Pacificador Lagasca repartió, luego, magnánima y aleatoriamente mercedes, recogió un buen tesoro para la Hacienda Real y embarcó para España en enero de 1550, dejando el gobierno en manos de la Audiencia. Para asentar el reino fue nombrado virrey, en 1551, don Antonio de Mendoza. Había ejercido ya como virrey de México y con buen acierto, pero murió al año siguiente de llegar a Lima, produciéndose otra rebelión (1553), acaudillada esta vez por Francisco Hernández Girón, que terminó un año después, cuando fue derrotado y ajusticiado. Los tres gobernantes que vinieron a continuación, el marqués de Cañete, el conde de Nieva y el gobernador (no fue virrey) García de Castro, se dedicaron a drenar la tierra de aventureros enviándolos a conquistas lejanas.
El nuevo virrey don Francisco de Toledo fue el verdadero organizador del Perú colonial. Entró en Lima el año 1569 y gobernó hasta 1581. Toledo realizó durante cinco años una visita al Reino realizando interrogatorios sobre el gobierno incaico, con objeto de acoplar los impuestos de la dominación española a los existentes en la época prehispánica. En sus informes quedó patente la autocracia incaica, que trató de aprovechar para el nuevo régimen. Estableció el tributo indígena en consonancia y cuantía a lo que podían pagar los naturales, concentró a éstos en poblados para facilitar su utilización en servicios personales, control político y evangelización, y fijó los contingentes que debían acudir a las labores mineras mediante el sistema de mita, así como su forma de trabajo y la remuneración que percibirían por el mismo. Las minas del Potosí fueron puestas al máximo rendimiento, contando con el respaldo de Huancavélica, que suministraba el azogue necesario para el beneficio de la plata. Toledo emprendió también una campaña militar para capturar a Tupac Amaru, último descendiente de los incas, que se hallaba escondido en la Sierra, a quien mandó decapitar. Completó su actuación instalando en Lima el Tribunal de la Inquisición. Sus sucesores del siglo XVI mantuvieron sus pautas y acentuaron las medidas de tipo fiscal (alcabala). Durante la primera mitad del siglo XVII, el virreinato afrontó los problemas de la disminución del número de indígenas, de la presencia de los corsarios holandeses en sus costas y de la reorganización de la minería. Lo primero obligó al Virrey don Luis de Velasco a ordenar una actualización del repartimiento de mitayos y a reajustar los impuestos de los indios. Su sucesor, el Marqués de Montesclaros, visitó personalmente Huancavélica dictando algunas medidas para mejorar la ventilación de las galerías donde trabajaban los mitayos. Los virreyes posteriores se enfrentaron a los piratas y fortificaron El Callao. Entre los principales ataques a esta plaza destacó el efectuado, en 1623, por el hugonote Jacques L'Hermite con una flotilla compuesta de 11 urcas de guerra y un patache, en la que iban a bordo 1.300 hombres. El virrey Marqués de Guadalcázar acababa de ordenar la salida de la flota de la plata con ocho millones de pesos y aprestó una defensa que duró cien días. L'Hermite murió durante el sitio y le sucedió Schapenham, que dividió sus fuerzas. A la par que sostenía el frente de El Callao, envió naves para atacar Guayaquil y Pisco, donde fueron rechazadas. Schapenham perdió 400 hombres y abandonó el sitio de El Callao unas semanas después. El desastre de esta expedición motivó que los holandeses se olvidaran del Perú durante más de una década, centrando sus expediciones en el Caribe y en Brasil. Otros acontecimientos de la época fueron la creación del Consulado de Lima, la fundación de algunos colegios (el del Príncipe para educar a los hijos de los caciques y el de San Bernardo en Cuzco para los hijos de los criollos) y el descubrimiento de judaizantes entre los mercaderes en Lima. En la segunda mitad de la centuria, la crisis económica flageló la Real Hacienda, que vio disminuir los ingresos tributarios y aumentar desmesuradamente los defensivos (murallas de Lima, fortificación de plazas y envíos de situados). Estos gastos supusieron, algunos años, hasta el 38% de los ingresos de la Caja de Lima. La parálisis progresiva que afectó al sistema de flotas (llegaban cada tres años desde 1663 y cada lustro desde 1682) creó desabastecimiento de mercancías europeas y activó el contrabando. Los movimientos sísmicos, especialmente el de 1687, cambiaron los cursos de los ríos que regaban la costa peruana, zona de producción triguera, donde se produjo una progresiva desertización. A partir de entonces, el Perú tuvo que importar trigo chileno. Entre los virreyes sobresalieron el Conde de Lemos (1667-72), que intentó sustituir la mano de obra mitaya por asalariada en Huancavélica y el Duque de la Palata, que reorganizó la mita del Potosí mediante nuevo recuento del número de tributarios y forasteros.